Університет нараховує 60 кафедр, на яких працює компетентний науково-педагогічний персонал: 120 докторів наук, професорів, один академік НАМН України, 17 академіків і сім членів-кореспондентів академій наук, понад 700 кандидатів наук, доцентів. Структурні підрозділи: шість факультетів (два медичні, стоматологічний, фармацевтичний, підготовки іноземних громадян та післядипломної освіти); госпрозрахункові підготовчі курси; центр нових інформаційних технологій; науково-дослідний центр, у складі якого 12 науково-дослідних лабораторій, у т.ч. 8 – ліцензованих, експериментальна клініка (віварій); 46 навчально-тренінгових центрів; 55 клінічних баз кафедр. Підготовка іноземних громадян за напрямами «Медицина» та «Фармація» ліцензована у обсязі 500 осіб на рік.
- Факультет післядипломної освіти
- Підготовчий факультет для іноземних громадян
- Фармацевтичний факультет (Фармація, Клінічна фармація)
- Стоматологічний факультет (Стоматологія)
- Медичний факультет № 1 (Лікувальна справа)
- Медичний факультет № 2 (Педіатрія, Медична психологія)